李昌年等（2004年）认为涠洲岛乃南海盆地中地幔热柱的次一级—地幔亚热柱上涌物质所形成的，涠洲岛的根部为该地幔亚热柱的中心，涠洲岛所处位置应为南海盆地地幔热柱往NW方向扩展的尾柱位置。涠洲岛第四纪喷发的岩浆来自软流圈。
软流圈，地质学专业术语，是指地壳岩石圈以下的圈层在地下60～250公里之间，位于地幔上部。地震波的波速在这里明显下降；又称低速带。据推测，这里温度约1300℃左右，压力有3万个大气压，已接近岩石的熔点，因此形成了超铁镁物质的塑性体，在压力的长期作用下，以半粘性状态缓慢流动，故称软流圈。板块构造理论的地幔对流运动，就是在软流圈中进行的。岩石圈板块就是在软流圈之上漂移的。
下图是地幔柱和软流圈示意图。
李昌年等（2005） 研究指出，广西北海涠洲岛地区深部存在一个从属于南海盆地地幔热柱的地幔亚热柱,该亚热柱的中心应位于涠洲岛。并进一步指出，在尾柱的中央,原有的大陆边缘岩石圈因伸展强烈而导致破裂,使该地幔热柱在局部位置不能发生与岩石圈底界的相互作用而直接构成软流圈或地幔热柱的窗口。也就是说，涠洲岛玄武岩在其岩浆上升过程中几乎未受到地壳物质的混染。
下图是南海形成的重建图，南海的形成与海南地幔柱密切相关。涠洲岛推测由海南地幔柱的亚热柱上涌形成的。
涠洲岛地处北部湾东北部，位于广西北海市正南方约38km的海域上。岛屿形状呈椭圆形，南北长约6km，东西宽约5km，总面积近25平方公里。其中南湾火山口位于岛岛屿南端，形成一个新月形的港湾。涠洲岛是中国在北部湾海域最大的海岛，也是中国境内最年轻、最大的第四纪火山岛。
涠洲岛上发育的第四纪地层有：下更新统湛江组（Q1z）、中更新统石茆岭组（Q2s）、上更新统湖光岩组（Q3h）以及全新统鳄鱼山组上段（Q4e1）和下段（Q4e2）。其中，湛江组现己埋藏于涠洲岛底部，岛上无出露（樊棋诚等，2006）。
据以前来过这里考察的同事讲，南湾海底地形较为平坦，未发现类似深坑的火山口。
文献推测涠洲岛西、南区在火山活动的作用下，在不同时期分别形成两个火山口：
（1）—个是西部横路山出现的盾状火山锥，根据附近的钻孔显示，该区覆盖着厚达370ｍ的火山岩层，而周围只有数十米；
（2）—个是南湾附近的破火山曰，火山口附近出现强熔结的火山角砾岩、集块岩和火山烙岩流等地貌现象。
西、南海岸的火山岩层受到北部湾地形狭管效应造成的西南向强风、浪的影响，发育了大规模的海蚀地貌，主要Ｗ现代和古代的海蚀平台、海蚀崖和海蚀穴为主，覆盖岸段达西南海岸80%以上，仅海湾内发育小范围的海积地貌，西岸海蚀后退作用较南岸强。
下图是西南角的鳄鱼山地质公园的海蚀穴。
下图是东南角的五彩滩的海蚀崖和岩滩。
涠洲岛的珊瑚礁地貌未出露水面，珊瑚主要从岸外2~４ｍ深处开始生长，在东岸与北岸规模最大，形成宽达660ｍ的活体珊瑚化长带，2250ｍ的珊瑚礁平台，南岸和西岸风浪大，珊瑚生长规模较小，未形成成熟礁坪。鳄鱼嘴南端岬角海蚀平台的侵蚀坑内可见大量蜂巢珊瑚。
下图是广西大学海洋学院培育的珊瑚种
主要参考文献：
涠洲岛海岸地貌特征、塑造过程和开发利用研究_林镇凯
广西涠洲岛晚新生代玄武岩地幔源区及岩浆成因_杨文健
海南地幔柱与南海形成演化_鄢全树